吳軍早年為花鼓戲演員，1993年考入中國中央戲劇學院導演專業在職學習，1995年畢業後進入北京軍區戰友文工團工作。
吳軍曾出演過《康熙微服私訪記2》等電視劇，並主演電影《離開雷鋒的日子》、《張思德》等。