杨在元为中国清朝武官官员，本籍湖南。1869年（同治8年）奉旨接任朱德明担任台湾镇总兵，并辗转担任两任该官职。是台湾清治时期此期间，受台湾道制约的台湾地区最高军事首长。
杨在元曾于1873年首任总兵期间因“滥委营缺，侵冒营饟”（饟同饷）遭降职、革职，后因于甘肃建立战功于1884年回任台湾总兵，不过旋即遭左宗棠请旨制止，令其“不得回任留营”。