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同源性進化過程中源於同一祖先的分支之間的關係。在進化上或個體發育上的共同來源而呈現的本質上的相似性，但其功能不一定相同。^[1]

特性

同源性是比較生物學中的一個中心概念。同源，最基本的意義就是具有共同祖先。一般來說，如果兩個物種中有兩個性狀（狀態）滿足以下兩個條件中的任意一個，就可以稱這兩個性狀為一對同源性狀：（1）它們與這些物種的祖先類群中所發現的某個性狀相同；（2）它們是具有祖先—後裔關係的不同性狀。

由於進化上或個體發育上的共同來源而呈現的本質上的相似性，但其功能不一定相同，如狗的前肢和鳥的翅。從分子水平講則是指兩個核酸分子的核苷酸序列或兩個蛋白質分子的氨基酸序列間的相似程度。雖然同源性須通過序列測定來檢驗，但是DNA-DNA或DNA-RNA雜交可提供有價值的估計。

同源性（homology）是指在分子進化研究中，同源性一般是指兩種核酸分子的核苷酸序列之間或兩種蛋白質分子的氨基酸序列之間的相似程度。序列分析是最終測定同源性程度的方法，DNA—DNA雜交或DNA—RNA雜交也是有用的估計途徑。^[2]

構建系統發育樹過程中一定要將同源性和相似性區分開。

「同源」意味着兩類群或兩序列是來自同一個祖先的後代，在序列聯配時（Alignment）同源位點的鹼基相同是因為遺傳關系所導致的。

然而，「相似性」僅僅是反映出部分位點的性狀狀態是相同的。如，兩條非同源序列也可以進行聯配，有些部位的鹼基也會完全相同（這就是為什麼我們在網上blast自己手中的基因序列時，其結果中往往會出現一些匹配度很高的其它基因），但這種鹼基相同並不是由於同一個祖先遺傳的結果。

顯然，無論兩條序列有多麼相似，把兩個非同源的序列放在同一棵樹上是沒有意義的（因建樹的目的就是顯示源自共同祖先的遺傳演化過程）。

目前，在一些發表的論文中也會出現包含非同源序列的系統樹，如一組蛋白酶因具有相似的催化屬性和反應機制，而被賦予相同的名稱並不罕見，隨後它們會被置於同一棵系統樹中，而不管其是否同源。