原蹄獸的模式種Phenacodus primaevus是相對細小及較輕盈的有蹄動物,腳上有五趾,像現今的貘般是趾行的。中趾最大,連同毗連的二趾承托著身體大部份的重量。這三趾有蹄,呈現了奇蹄目及一些已滅絕的有蹄類的三趾型。牠的頭顱骨細小,腦部更為細小。牠的拱背、強壯的腰椎、長而有力的尾巴及相對柔弱的前部都顯示牠是原始食肉目的親屬。所有的肢骨都是分離的,腕骨及踝骨並非交替的,即上排是直接的位於下排之上。整套44顆牙齒都發展良好,而上臼齒有6個較短的齒冠,或稱為低冠齒型,兩個在內,兩個在中,兩個在外,是標準的原始丘狀齒結構。原蹄獸是適合行走及草食性,亦有可能是肉食性的。