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開放閱讀框(定義)原圖鏈接來自 簡書 的圖片

開放閱讀框(Open Reading Frame, ORF)在分子生物學中是從起始密碼子開始,是DNA序列中具有編碼蛋白質潛能的序列,結束於終止密碼子連續的鹼基序列。

由於密碼子(codon)讀寫起始位點的不同,mRNA序列可能按六種ORF閱讀和翻譯(每條鏈三種,對應三種不同的起始位點)。ORF識別則是確定哪種開放閱讀框對應真正的多肽編碼序列的過程。

在真核生物中,ORF可能跨過外顯子,在mRNA中進行拼接。[1]

目錄

詞語釋義

開放閱讀框[open reading frame,ORF] 是結構基因的正常核苷酸序列,從起始密碼子到終止密碼子的閱讀框可編碼完整的多肽鏈,其間不存在使翻譯中斷的終止密碼子。

在mRNA序列中,每三個連續鹼基(即三聯「 密碼子」) 編碼相應的氨基酸。其中有一個起始密碼子AUG和三個終止密碼子UAA,UAG,UGA。核糖體從起始密碼子開始翻譯,沿着mRNA序列合成多肽鏈並不斷延伸,遇到終止密碼子時,多肽鏈的延伸反應終止。由於讀寫位置不同,ORF在下圖鏈上具有六種可能性。

軟件介紹

現在有很多找ORF的軟件,包括在線的,如:ORF Finder的功能ORF Finder被用來預測已存在的編碼區的小基因序列。它較早應於序列設計,應用優於長片斷、高質量的匹配。ORF Finder把提交序列分成六個亞區,並對這六個閱讀框分別進行默認,賦予每個亞區一個確定其編碼內容的度量, 如果可能將對每一亞區進行進一步分析。每個亞區按照已有的分類結果,被隨機提交給查找它們是否編碼 蛋白質的特定測試收集器。最後只有那些具有編碼潛能的重要區域才被報道。

視頻

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分子生物學1

參考文獻