玉里华山寺开基于台湾日治时期的明治42年(1902年),最初为日本佛教净土宗系统的布道所,不同于玉里玉泉寺带有台湾本土宗教色彩的持斋宗信仰,华山寺设立之初便已是正信佛教的寺院,在日治时期也曾兼办过幼稚园。
二次战后,随著日本佛教教团淡出,由临济宗的白圣法师接掌主持,并于民国36年(1947年)改作“华山寺”。[1]民国38年(1949年)华山寺庙身遭台风肆虐损毁。民国41年(1952年),时任住持释明乐募款重建一木造锌顶的佛寺。民国55年(1966年)再度募资重建,顺利于民国59年(1970年)举办入火安座大典。
玉里华山寺每年逢清明节、浴佛节和盂兰盆会等,皆会举办盛大的法会,现已成玉里镇每年年度重要的宗教盛会。