玉里華山寺開基於臺灣日治時期的明治42年(1902年),最初為日本佛教淨土宗系統的佈道所,不同於玉里玉泉寺帶有臺灣本土宗教色彩的持齋宗信仰,華山寺設立之初便已是正信佛教的寺院,在日治時期也曾兼辦過幼稚園。
二次戰後,隨著日本佛教教團淡出,由臨濟宗的白聖法師接掌主持,並於民國36年(1947年)改作「華山寺」。[1]民國38年(1949年)華山寺廟身遭颱風肆虐損毀。民國41年(1952年),時任住持釋明樂募款重建一木造鋅頂的佛寺。民國55年(1966年)再度募資重建,順利於民國59年(1970年)舉辦入火安座大典。
玉里華山寺每年逢清明節、浴佛節和盂蘭盆會等,皆會舉辦盛大的法會,現已成玉里鎮每年年度重要的宗教盛會。