1400年左右，塔林的商人提出创建修道院的想法。1407年，Vadstena Abbey的两名修士抵达塔林，为商人提供谘询。1417年获得建造修道院许可。
皮里塔修道院是建筑师海因里希·斯瓦尔巴特（Heinrich Swalbart）的监督下建造的。1436年8月15日，塔林海因里希二世主教于修道院主教堂举行仪式。皮里塔修道院在全盛时期成为利沃尼亚最大天主教修道院。
1557年，皮里塔修道院在利沃尼亚战争期间遭到伊凡雷帝领导俄罗斯帝国军队攻击。他们洗劫了修道院，掠夺财富并将其烧毁。皮里塔修道院从此废弃，但是邻近的土地被当地人当作墓地。
