台湾清治末期至日治前期,兴福寮地区为一街庄,称为“兴福藔庄”,隶属于芝兰三堡。该庄北与水枧头庄为邻,东与顶北投庄为邻,南边为小坪顶庄、三空泉庄,西边为树林口庄。
1901年(日治明治三十四年)11月,该庄隶属于台北厅,编入第二十六区。1906年(明治三十九年)1月,第二十六区、二十七区的部分街庄合并为“水枧头区”,该庄属之。1920年(大正九年),该庄改制并改名为“兴福寮”大字,隶属于台北州淡水郡淡水街[1]。
战后淡水街改制为淡水镇,隶属于台北县,大字亦改制为里。2010年12月,台北县升格为新北市,淡水镇亦改制为淡水区。