1721年（康熙六十年）三月，閩人柯妹因不滿官府向民間折現徵糧一事，以杜君英（廣東省潮州府海陽縣人）既然已遭官府通緝，勸說杜君英何不豎旗起事，並承諾替杜君英聚眾招攬。杜君英遂邀集陳伯等粵籍四名、閩籍三名、臺灣府籍人士約五十餘人於3月10日舉「爭天奪國」旗號起事於山內。<ref name="a8">[ 〈朱一貴謀反殘件〉，《臺案彙錄己集/卷一/四》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「有我原認識之福建人柯妹向我說... 內容現今將你查拿，我們也糾人拜把豎旗，叫你為首，入他們的夥。如此商議時，我依允各自會了我一處民陳伯、莊勳、黃捷、陳會、福建民李國彥、李國恩、陳貴、臺灣府民蕭伯、鄭十三等五十來人...」。]</ref>其後，楊來、顏子京、戴穆、劉國基、陳福壽、洪正、王義生、郭國正等共邀集1,000餘人，俱往附杜君英。四月，杜君英聞朱一貴起事於崗山後，乃派楊來、顏子京於4月21日前往朱一貴處，洽談合作事宜。彼此商議後，杜君英於4月24日出兵攻下淡水汛。<ref name="a9">[ 〈朱一貴供詞〉，《臺案彙錄己集/卷一/二》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「二十一日，杜君英夥 內 容楊來、顏子京執旗二竿，來向我說：檳榔林管施仁舍莊屯廣東之杜君英在南路淡水會了他們一處種地傭工人等，要打搶臺灣倉庫...」。]</ref>

聞訊後，總兵歐陽凱集結將弁，命臺灣鎮標右營游擊周應龍帶四百兵丁，並新港、目加留灣、肅壟、麻豆四地番兵前往進剿朱一貴，4月23日二軍相遇於於岡山。朱一貴和原杜君英派遣到朱一貴處的楊來、顏子京為周應龍所敗。朱一貴退入山中，藏躲於袁交友莊。楊來、顏子京敗後則返歸杜君英處。<ref name="a10">[ 內容〈平臺紀略〉，《平臺紀略》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第14種），「周應龍兵至小岡山，遇賊，與戰。千總陳元、把總吳益等奮力掩擊，賊大敗，退走入山，奪袁交友莊屯住。」]</ref><ref name="a11">[ 內容〈朱一貴供詞〉，《臺案彙錄己集/卷一/二》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「...我們奪了元交，有村莊藏躲居住。楊來、顏子京與周應龍戰敗，帶了他帶來的人投杜君英去了...」。]</ref>周應龍敗朱一貴後，杜君英攻南路參將苗景龍於下淡水，苗景龍戰死，周遂帶兵南下馳援。4月27日，杜君英渡過下淡水溪，會合原先退入山中的朱一貴部後，大敗周應龍於赤山（今高雄市鳥松區），陳元陣歿，吳益、周應、李碩等負傷，周逃歸府治。<ref name="a12">[ 〈朱一貴謀反殘件〉，《臺案彙錄己集/卷一/三》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「問據莿瓜成即陳成供：...二十三日出，在崗山和官兵打仗，敗了，躲在山 內 容去招人。二十六日，杜君英過溪來的人甚多。二十七日，與他合夥，在赤山把周遊擊殺敗後...」。]</ref>

赤山之戰後，朱一貴部北上轉攻臺南，杜君英部則連夜再陷鳳山縣縣城（今高雄市左營區），隨後亦北上臺南。4月30日，杜君英部的林曹已先至臺南，在和清軍交戰後，敗退竿津林。<ref name="a13">[ 〈平臺紀略〉只有記載三十日「賊至... 內容賊大敗，退屯竿津林」。而根據朱一貴的供詞，三十日當日朱一貴並未和清軍交戰，而作供當日和清軍作戰的黃和是在新園加入杜君英的林曹的部眾。]</ref><ref name="a14">[ 內容〈朱一貴謀反殘件〉，《臺案彙錄己集/卷一/三》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「問據黃和供：...三十日和官兵打仗，輸了，退去南路頭」。]</ref>朱一貴當日則未和清軍交戰，而是等待杜君英的主力部隊到達。<ref name="a15">[ 內容〈朱一貴供詞〉，《臺案彙錄己集/卷一/二》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「...三十日，我們人數雖眾，兵器缺少，因此不曾交戰」。]</ref>5月1日，杜君英與朱一貴會攏後，合流進攻臺灣府城（今臺南市中西區）。杜君英率部率先攻入府城，朱一貴隨後繼入。水師游擊將軍游崇功進鹿耳門赴援，遇清朝官員臺廈道梁文煊、知府王珍紛紛坐船逃往澎湖。

攻下臺灣府城後，眾將擁立朱一貴為「中興王」，於今臺南大天后宮登基。朱一貴尊明為正朔，承襲明朝的制度，國號「大明」，年號永和，廢薙髮令，封諸將為官，布告天下<ref name="a16">[ 內容〈平臺紀略〉，《平臺紀略》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第14種）]</ref>，又大封官吏千餘人。<ref name="a17">[ 內容清史紀事本末/卷十六. [2017年4月13日].]</ref>

朱一貴和杜君英二部本為合作關係，而非從屬關係。杜君英豎旗起事較朱一貴更早，<ref name="a18">[ 〈朱一貴謀反殘件/卷一/四〉，《臺案彙錄己集》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「我 (杜君英)… 於本月初十間在山 內 容豎了旗，旗上書寫清天奪國... 又聽見朱一貴在崗山豎旗…」。]</ref>而在事變初期，杜君英的聲勢亦較大於朱一貴。<ref name="a19">[ 內容〈答道府論陳福壽入山書〉，《東徵集/東徵集卷三》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第12種），「...彼(杜君英)當倡亂之初，聲勢猖獗，更甚於朱一貴。比及陷郡，欲與一貴爭王，迨後吞併相攻，敗走虎尾溪，其眾尚四五萬...」。]</ref><ref name="a20">[ 內容《臺灣采訪冊》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第55種），「...朱一貴之亂，有偽封國公杜君英者，粵之潮洲人也。其旗賊眾最雄，閩之賊俱忿恨之。於是，合眾攻君英。諺有云：十八國公滅杜是也...」。]</ref>杜君英起事之後，赤山之戰、鳳山城陷和府城之役，每戰皆捷。而朱一貴則先在岡山麓為周應龍所敗，而在赤山之戰和府城之役，朱一貴也要待和杜君英會攏後，方始出戰清軍<ref name="a21">[ 內容見註釋七、註釋十。]</ref>。最後也是杜君英所部率先攻入臺灣府城。杜君英遂以其功勞最大，而欲立其子杜會三為王，其他起事夥伴則以朱一貴為朱姓，可以冒充明朝皇帝後裔來號召群眾，遂擁戴朱一貴為王，杜君英僅受朱一貴封為二十七名國公之一。杜君英心中不服，因而與朱一貴發生爭執。<ref name="a22">[ 《重修鳳山縣志》/卷十一/雜志/災祥，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第146 內容種），「粵黨以入府無所獲，且亂自粵莊始，而一貴非粵產，因有異謀」。]</ref>

朱一貴和杜君英二人的權力鬥爭爆發在強娶婦女事件上。杜君英和朱一貴爭權失利後，行事頗多驕縱。朱一貴入府後，榜示禁止淫掠，想要整飭軍紀。杜君英則故意擄了七名女子，其中一女尚是朱一貴集團的核心成員吳外的親戚。<ref name="a23">[ 內容〈平臺紀略〉，《平臺紀略》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第14種），「先是君英入府時，欲立其子杜會三為王，眾不服，立朱一貴。君英故恚甚，每事驕蹇，掠婦女七人閉營中。而一貴出令禁淫掠…」。]</ref>吳外、朱一貴請杜君英放人，為杜君英所拒。朱一貴於是密謀圍攻杜君英，兩方爆發激鬥。

朱一貴的部眾以閩籍漳、泉二府為主。而杜君英集團成員的組成則包括了閩籍漳、泉墾民和粵籍使用潮州話的潮州潮陽、揭陽、海陽一地墾民與客籍傭工。<ref name="a24">[ 內容〈朱一貴謀反殘件〉，《臺案彙錄己集卷一/四》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種），「...我依允各自會了我一處民陳伯、莊勳、黃捷、陳會、福建民李國彥、李國恩、陳貴、臺灣府民蕭伯、鄭十三等五十來人...」。]</ref><ref name="a25">[ 內容覺羅滿保：〈題義民效力議敘疏〉，《重修鳳山縣志十二/藝文志/奏疏》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第146種），「六十年四月二十二日，賊犯杜君英等在南路淡水檳榔林招夥豎旗搶劫新園，北渡淡水溪侵犯南路營，多系潮之三陽及漳、泉人同夥作亂。」]</ref><ref name="a26">[ 內容《平臺紀略》君英在下淡水檳榔林招集粵東種地傭工客民，與陳福壽、劉國基議共掠臺灣府庫。]</ref>待至杜君英和其所屬的粵籍將領以權力分配不公而和朱一貴集團起爭執，且朱一貴集團又以整飭紀律為由密謀剿滅杜君英時，雙方遂發生對立。內鬨中，杜君英集團發生閩、粵分裂，原杜君英集團的閩籍將領選擇了地緣認同，倒戈投向同為閩籍的朱一貴。<ref name="a27">[ 內容如江國論、胡君用均為福建漳州人，分別在下埤頭、林園加入杜君英，朱、杜分裂後均反而追討杜君英。見〈朱一貴謀反殘件〉，《臺案彙錄己集/卷一》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種）。]</ref><ref name="a28">[ 內容《臺灣采訪冊/紀事》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第55種），「...朱一貴之亂，有偽封國公杜君英者，粵之潮洲人也。其旗賊眾最雄，閩之賊俱忿恨之。於是，合眾攻君英。諺有云：十八國公滅杜是也...」]</ref>至此，整個起事集團遂分裂為使用泉漳片的閩籍墾民和使用潮汕片的粵籍墾民二股勢力，<ref name="a29">[ 內容林正慧，〈閩客？福客？清代臺灣和人族群新探-以屏東平原為起點〉，《國史館學術集刊第六期》，第45頁。]</ref>而形成閩、粵對立。其後，杜君英戰敗，並率殘部敗走貓兒干（今雲林縣崙背鄉），並於其後降於清軍。

在朱一貴、杜君英相爭之際，下淡水溪即有十三大莊、六十四小莊，包含了閩籍汀州府和粵籍鎮平、平遠、程鄉三縣未附眾起事的客籍墾民，因懼遭戰火波及，遂集結以自保。<ref name="a30">[ 內容覺羅滿保，〈題義民效力議敘疏〉，《重修鳳山縣志》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第146種），「臺灣鳳山縣屬之南路淡水，歷有漳、泉、汀、潮四府之人，墾田居住。潮屬之潮陽、海陽、揭陽、饒平數縣，與漳、泉之人，語言聲氣相通。而潮屬之鎮平、平遠、程鄉三鄉，則又有汀州之人，自為守望，不與漳、泉之人同夥相雜。」]</ref>共推李直三為大總理，並聯合鳳山八社的平埔族民，聚眾萬餘人，分七營（六堆），並在清除了下淡水溪東岸朱一貴的勢力後，沿下淡水溪東岸布防。而朱一貴在擊敗杜君英部後，欲一舉清剿屏東平原未歸附之勢力，乃派兵南下。<ref name="a31">[ 內容《重修臺灣縣志》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第113種），「漳、泉糾黨數千... 意圖吞併客莊。]</ref><ref name="a32">[ 〈朱一貴謀反殘件/卷一/四〉，《臺案彙錄己集》，「問據王拔供... 內容六月初間，王忠去南淡水征客仔...」。]</ref>6月12日，朱一貴部之陳福壽、王忠、劉育、劉國基、薛菊生、郭國楨率二萬餘人，陸續出現在下淡水溪西岸。二軍在經一個禮拜的沿河對峙之後，朱一貴部於6月18日早上發動攻擊，從西港口搶渡下淡水溪，先敗先鋒營和右營，焚劫新園，下午再敗五營聯軍於小赤山，欲取道萬丹，直取濫濫莊。6月19日，朱一貴部再度發動攻擊，惟客莊七營已於萬丹完成集結，朱一貴部遭夾攻後大敗潰逃。從渡河至兵敗，前後歷時僅二日。<ref name="a33">[ 內容《重修鳳山縣志》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第146種）。]</ref><ref name="a34">[ 內容施亞軒，客家戰場的歷史建構-以十八世紀屏東平原為例。]</ref>

清吏於臺灣府城破後盡數退至澎湖。閩浙總督覺羅滿保聞事變，先派1700士兵往台灣救援。覺羅滿保於5月12日進抵泉州府，隨後調集兵糧而於6月1日，偕同南澳總兵官藍廷珍，率水陸軍由廈門出海，於澎湖會同福建水師提督施世驃後，率領18000名士兵向臺灣進發。<ref name="a35">[ 駱, 內容芬美. 《被誤解的臺灣史：1553-1860之史實未必是事實》. 台北市: 時報. 2013: 225. ISBN 9789571357287.]</ref>

清軍於6月16日抵鹿耳門，令先鋒林亮、董芳以六艘船直進，炮轟砲台，大勝之後渡鯤身。6月17日，蘇天威退守安平，與城守鄭定瑞迎拒藍廷珍，不敵，逢漲潮而直入安平港。6月18日，施世驃軍入安平港。朱一貴集團原僅為各山頭勢力的聯合，缺乏嚴密的組織，而且參與的部眾多有並非志願參與。[<ref name="a36">[ 內容如「問據張看供：...朱一貴們攻陷府治，各莊上人都豎旗保守鄉村」、「問據鄭維熀供：...臺灣變亂，楊來差人吩咐各莊都要豎旗」、「問據林泰即林世昌供：...張岳叫人到小的地方來說，各莊都要從他，小的是保長，無奈帶領鄉壯四十多人豎旗」。見〈朱一貴謀反殘件〉，《臺案彙錄己集/卷一/三》（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第191種）。]</ref>而先前內鬨，導致杜君英率原集團主力部隊數萬餘人北走。<ref name="a37">[ 內容藍鼎元，〈答道府論陳福壽入山書〉《東徵集》，記載：...彼(杜君英)...敗走虎尾溪，其眾尚四五萬...。]</ref>復又對清軍大軍壓境毫無警覺，而分二萬餘眾南下，一心吞併下淡水溪，結果大敗於六堆。再加上清軍抵鹿耳門後，安平一地有郭步青率千餘人、顏平率八百餘人反朱一貴<ref name="a38">[ 內容李文良，《清代南臺灣「客家」的移墾與社會，1680~1790》，第173頁。]</ref>導致朱一貴作戰連連失利。朱一貴躲入府城，不敢再出。時有西港人，引導藍廷珍軍五千五百人兵發西港。

6月23日清軍攻下府城，朱一貴亦向北退走，先退大穆降（今臺南市新化區），再走灣裏溪、下茄苳（臺南市後壁區），最後於閏6月5日僅餘千餘人進入溝尾莊（今嘉義縣太保市）。漳州人王仁和密謀楊旭、楊雄，聯合六莊鄉丁設計擒朱一貴等解赴清軍。大明永和至此結束。清軍自抵鹿耳門至擊潰朱一貴，約僅半個月；而朱一貴自稱帝至溝尾莊被擒，為時亦尚不到二個月，因此民間遂有歌謠傳唱：「頭戴明朝帽，身穿清朝衣；五月稱永和，六月還康熙」<ref name="a39">[ 《臺灣文獻叢刊》/一四 內容平臺紀略]</ref>。此詩據說是內門鄉人流傳的打油詩，亦刻於高雄內門區朱一貴文化園區朱一貴雕像底座右側<ref name="a40">[ 台灣先民革命英雄朱一貴 by 內容劉重義. groups.google.com. [2018-07-30].]</ref><ref name="a41">[ 駱, 芬美. 《被誤解的臺灣史：1553-1860之史實未必是事實》. 台北市: 內容時報. 2013: 222. ISBN 9789571357287.]</ref>。清軍亦藉此事展開掃蕩，徹底拔除南明殘餘軍隊，直到世宗雍正元年（1723年）才恢復寧靜。

朱一貴和直到九月投降清軍的杜君英俱於十月解送北京。朱一貴被捕時面對平亂之福建水師提督施世驃（施琅之子，施世綸之弟）、清國官員藍廷珍，猶昂然自立，自稱孤家，並以反滿的言論痛斥清吏道：我復興大明，怎麼可以說是造反？反而你們堂堂漢人，卻在清廷做官，才真的是造反。1722年（康熙六十一年）2月22日，朱一貴、李勇、吳外、陳印、張阿山等人遭凌遲處死，親屬一同罹難。而事變起時，原任臺廈道梁文煊、同知王禮、知縣吳觀域、朱夔因棄臺而逃，均遭清廷押回臺灣處斬於市。知府王珍已死，亦遭開棺戮屍示眾。<ref name="a42">[ 內容〈平臺紀略〉，《平臺紀略》，（臺北：臺灣銀行經濟研究室，臺灣文獻叢刊第14種）。]</ref>