[[桓武天皇]]於[[延曆]]十三年（794年）從[[長岡京]]遷都至[[平安京]]（即今[[京都]]）之後，將[[天皇]]居所設於平安京的{{link-ja|內裏| [[ 内裏}} ]] （該詞在日語中指[[宮城]]中[[天皇]]的私人區域），位於[[大內裏]]的中央偏右處。平安京的 [[ 內裏 ]] 在[[天德 (村上天皇)|天德]]四年[[九月廿三]]（960年10月16日）被大火燒毀，之後又遭遇多次火災，使得 [[ 天皇 ]] 必須在平安京內找尋地方做為[[行宮|臨時居所]]，這些臨時皇居被稱為「{{link-ja|里內裏| [[ 里内裏}} ]] 」（「[[里 (消歧義)|里]]」指的是平安京的-{里}-坊）。

之後在[[元弘]]元年（1331年），北朝首代天皇[[光嚴天皇]]即位，以里內裏之一的{{link-ja| [[ 土御門東洞院殿|土御門東洞院殿}} ]] 做為居所，這便是京都御所的雛型。當時占地僅有1[[町 (面積單位)|町]]四方，經過[[足利義滿]]擴大用地、以及[[織田信長]]與[[豐臣秀吉]]的整建，遂有現今所見之規模。[[明德 (後小松天皇)|明德]]三年（南朝[[元中]]九年，1392年）南北朝統一後，這裡繼續做為[[天皇]]居所，至[[明治]]二年（1869年）[[明治天皇]]將[[皇居]]遷往[[江戶城]]（今[[東京]][[皇居]]）為止，為時477年。

值得注意的是，[[天皇]]居所雖然遷往[[江戶]]城，但京都御所原有的[[皇宮]]地位並沒有被廢除，象徵[[天皇]]駐地所在的[[天皇]][[寶座]]「{{link-ja| [[ 高御座|高御座}} ]] 」也仍然留置於此，直至今日。

現今的京都御所是 [[ 日本皇室 ]] 關聯設施之一<ref>[http://www.kunaicho.go.jp/about/shisetsu/shisetsu.html {{lang|ja|皇室関連施設 - 宮内庁}}]{{ja}}</ref>，由[[宮內廳]]京都事務所管理。鄰近的皇室設施還有{{link-ja|大宮御所|大宮御所|京都大宮御所}}與[[仙洞御所]]，與京都御所共同被[[京都御苑]]環繞。目前京都御所部分區域在平日開放公眾。