五十三年，命赴台灣勘建城垣。因命偕[[福康安]]、[[李侍堯]]按柴大紀貪劣狀，上責嗣曾平日緘默不言。尋疏言大紀廢弛行伍，貪婪營私，事蹟昭著。又奏：“撫卹被難流民，給銀折米， [[ 福建 ]] 舊例，石準銀二兩；今以米貴，請改為三兩。”上以福康安奏晴雨及時，歲可豐收，仍令視舊例。偕福康安等奏清察積弊，籌酌善後諸事，均得旨允行。嘗以台灣吏治廢弛，不能早行覺察，自劾，上原之。命台灣建福康安、海蘭察生祠，以嗣曾並列。尋奏台灣海疆刁悍，治亂用嚴，民為盜及殺人者，役殃民，兵冒糧，及助戰守義民或挾嫌害良，皆立置典刑，以是稱上旨，嘉嗣曾不負任使。事觕定，命內渡，尋又命俟總兵[[奎林至]]乃行。[[莊大田]]者，與爽文同亂，坐誅，嗣曾捕得其子[[天畏]]及用事者[[黃天養]]送京師，又得海盜，立誅之。

五十四年，賜孔雀翎、大小荷包。圖像紫光閣。請入覲，未行，安南[[阮光平]]據黎城，福康安督兵赴 [[ 廣西 ]] ，嗣曾署總督。福康安瀕行，奏福建文武廢弛，宜大加懲創，上諭嗣曾振刷整頓。嗣曾奏許琉球市大黃，限三五百斤，諭不可因噎廢食。又奏：“福建民多聚族而居，有為盜，責族正舉首，教約有方，給頂帶；盜但附從行劫未殺人拒捕，自首，擬斬監候，三年發遣，免死。”上諭曰：“捕盜責在將吏。令族正舉首，設將吏何用？族正皆土豪，假以事權，將何所不為？福建多盜，當嚴治。若行劫後尚許自首免死，何以示儆？二條俱屬錯謬。”五十五年，高宗八旬萬壽，台灣生番頭人請赴京祝嘏，嗣曾以聞，命率詣熱河行在瞻覲。十一月，回任，次 [[ 山東 ]] 台莊，病作，遂卒。<ref>[http://ren.bytravel.cn/history/8/xusizeng.html徐嗣曾> 浙江省 > 嘉興 > 海寧人物]</ref>