2005年，由於日本道路公團等民營化關係法成立，瀨戶大橋改由[[JB本四高速]]管理。2008年，為紀念通車20週年，瀨戶大橋舉辦了健康馬拉松大會，這是瀨戶大橋首次因惡劣天氣以外的原因而全面禁止汽車行駛<ref>[ http://www.jb-honshi.co.jp/seto-ohashi/shoukai/rekishi4.html 開通から20周年まで] 本四高速 </ref>。2013年，為紀念瀨戶大橋開業25週年，[[JR西日本]]和[[JR四國]]開通了[[黃昏特快號列車]]瀨戶大橋開業25週年紀念號列車<ref>[ https://www.westjr.co.jp/press/article/2013/03/page_3445.html 瀬戸大橋線開業25周年記念トワイライトエクスプレス車両瀬戸大橋線開業25周年記念号発売] JR西日本 </ref> 。