棘阿米巴角膜炎的臨床表現，多為單眼發病，病人會有異物感、畏光、流淚等症狀。約有50％的人角膜炎病徵看起來不厲害，但卻有劇烈的疼痛感。棘阿米巴角膜炎早期是以一個非典型角膜炎來表現，常被診斷為單純性皰疹病毒感染。診斷要靠醫師有高度的警覺性，再用角膜檢體的抹片及培養，以便能正確診斷。研究顯示，與棘阿米巴角膜炎預後最有相關的因子是從發病到確定診斷的時間長短，也就是說，早期診斷是治療成功最重要的因素。雖然醫師能下正確的診斷 ， 。 ===以活動體與囊體兩種型態繁衍=== 但棘阿米巴角膜炎並不好治療，主要是因為阿米巴原蟲這種的生物，有兩種型態，平時是以 ''' 活動體 ''' （trophozoite）來致病，但環境惡劣時，便轉為 ''' 囊體 ''' （cyst）以利生存，所以其生活史為「囊體」到「活動體」，再到「囊體」，一直不斷循環下去。大部分的藥對「活動體」有效，但投藥後，棘阿米巴原蟲就轉為「囊體」，伺機而動。目前認為最有效的藥物是biguanides中的 polyhexamethylene biguanide（PHMB）或chlorhexidine，它是可以有效地殺死兩種變型的棘阿米巴原蟲。不過，很不幸地，台灣並沒有此種藥物，這也增加了治療上的困難度<ref>[https://www1.cgmh.org.tw/intr/intr2/c4340/media/media_a12.html 隱形眼鏡戴下水 當心染上難纏的「棘阿米巴角膜炎」]長庚紀念醫院 眼科部</ref>。