面對著關門海峽（本州島與九州島相隔的海峽）的小倉地區，做為陸海交通的要衝之地，自古就是許多戰略上設置堡壘或守衛城的首選，戰國時代末期，統治中國地方的毛利氏開始在此築城，到了毛利勝信時將現在小倉城的占地範圍和規劃確定下來。

細川忠興將小倉城下町經營繁榮之後，在1632年時被改封至熊本藩，於是小倉藩改由小笠原忠真接替藩主。幕末時小倉城曾被火災摧毀，當時曾重建迴遊式的庭園，但天守閣沒有重建，城內領地後來多做為戰爭時期的駐兵營，直到1959年才因為市民的期望而重新建造天守。