*1622年，[[荷兰东印度公司|荷蘭東印度公司]]任命[[科內利斯·雷爾生]]（Cornelis Reyersen）為司令，攻克[[葡萄牙]]據守的[[澳門]]失利後，轉往澎湖建立貿易據點，並在[[風櫃尾]]蛇頭山頂興建城堡作為基地。1624年（[[天启 (明朝)|天啟]]四年），[[福建巡抚|福建巡撫]][[南居益]]下令驅逐荷軍，乃派水師圍堵荷軍於風櫃城，即「[[澎湖之战|風櫃圍城戰]]」，雷爾生堅守七個月後，終於同意撤離澎湖，轉往台灣本島發展，也開啟了台灣的[[臺灣荷蘭統治時期|荷領時期]]。在此期間荷蘭人繪有一幅澎湖港口圖，在今天-{后}-宮位置畫有「中國寺廟」，即媽祖宮。<ref>曹永和，2000，〈澎湖之紅毛城與天啟明城〉，《臺灣早期歷史研究續集》，頁162。台北市：聯經。</ref>

*1663年，東印度公司在前一年被鄭成功擊敗，因而失去在台灣的領地後，隨即任命[[巴爾薩澤·博特]]（Balthasar Bort）率艦隊企圖將之奪回。博特曾與清軍聯盟，在中國沿海與鄭軍交戰獲勝，但後來未獲清廷支援攻台。博特失望憤慨之餘，在1664年1月3日攻擊澎湖島上的鄭軍，並在1月10日放火燒毀寺院及附近的房舍。據此，澎湖媽祖宮曾在1664年被毀。博特在其航海記中亦附有澎湖港圖，其中的寺院也在今天-{后}-宮的位置上。<ref>村上直次郎著，許賢瑤譯，2001，〈澎湖島上的荷蘭人〉，《荷蘭時代台灣史論文集》，頁14。宜蘭縣宜蘭市：佛光人文社會學院。</ref>

*1683年（[[康熙]]22年）福建水師提督[[施琅]]率軍攻台，在澎湖擊敗由[[劉國軒]]率領的[[明鄭]]海軍主力，明鄭隨後便即投降。施琅將勝利歸因於媽祖庇佑，並奏請康熙皇帝敕封其為「護國庇民妙靈昭應仁慈天后」。清廷在1684年（康熙23年）准奏，並且派[[禮部]][[雅虎 (人名)|雅虎]]專程來澎湖致祭，將媽祖封為天后，並改「天妃宮」為「天后宮」。<ref>李乾朗，1999，《澎湖天后宮》，頁13。台北市：[[雄獅圖書]]。</ref>

*1885年（光緒11年），法軍[[孤拔]]率艦入侵澎湖，[[澎湖之役 (1885年)|澎湖之役]]爆發，戰後天后宮廟身傾圯，翌年重啟修建。1895年（光緒21年），[[澎湖之役 (1895年)|乙未戰爭澎湖之役]]爆發，日軍進攻澎湖，因戰事波及，天后宮再度損毀。

=== 日治時期 ===

*[[澎湖水仙宮|臺廈郊]]諸紳見天后宮殘破，終於於1919年（大正八年）間決議鳩資修建，並從[[福建省|福建]]延攬大批匠師；臺澎第一古碑「[[沈有容諭退紅毛番碑|沈有容諭退紅毛番韋麻郎等]]」便是在此次整修過程中被挖掘出土，此碑一出，便奠定澎湖天后宮為台澎第一古廟的歷史地位。