蓝藻纲为裂殖植物门(Schizophyta)两个纲中的一个, 另一纲为裂殖菌纲(Schizomyctes),或称细菌纲.蓝藻纲有时也列为蓝藻门(Cynophyta),和粘菌纲(Myxophyceae)、 裂殖菌纲合称为蓝藻.蓝藻自由飘浮在淡水和海水里,以及全世界地面潮湿的亚气生的深沟里.它们分布在淡水中的比海水中的多,分布在近水面的比数英尺深的多.浪花喷射的悬岩、湿淋的暗礁以及临时的水池等地蓝藻的分布似乎特别多.它们也常出现在温泉之内及其周围的地方,有时在稍低于沸点温度的温泉里也有其分布。
在生物分类学上是蓝藻门(Cyanophyta)中的仅有的一个纲。约有2000多种,隶属140属20科,其中已知有固氮作用的约120多种。蓝藻是地球上最早出现的绿色植物,大约出现在35-33亿年前。