在阿米巴肝膿腫的治療中，如果甲硝唑或另一種硝基咪唑在5天內未能改善或對甲硝唑或硝基咪唑不耐受，可以使用氯喹代替或補充其他藥物。

它輕度抑制免疫系統，因此可用於某些自身免疫性疾病，例如類風濕關節炎和紅斑狼瘡。