*二次大戰後，海峽兩岸恢復往來，大天后宮在民國三十六年（1947年）便組團前往[[湄洲天后宮]]進香，並重新舉辦迎媽祖活動{{r|曾|page=113}}{{r|張|page=73}}。但是由於當時的政治環境與[[國民政府]]不鼓勵迷信拜拜、厲行節約等政策，府城迎媽祖並未每年舉行，而是偶爾會利用像「恭祝[[蔣介石|蔣總統]]就職」、聲援「[[西藏]]反共」等事件作理由來舉辦遶境{{r|張|page=77}}。

*民國四十四年（1955年）北港朝天宮與大天后宮重新接觸，欲重修舊好，次年（1956年）2月26日（正月十五）將北港的糖郊媽送回朝天宮，並打算在該年農曆三月十七日再次讓北港媽南下府城{{r|張|page=322}}。然而在準備期間卻傳出北港方面要讓六媽南巡駐駕，臺南與北港方面為了此次活動要稱為「進香」還是「南巡」起了衝突，臺南延平詩社楊乃胡因此事撰[[對聯]]貼於大天后宮，諷刺地說「天則在先，擅改進香為駐駕；-{后}-來居上，竟忘謁祖作行宮」，最後雙方再次斷交{{r|張|page=322}}。

*而在民國七十六年（1987年），北港朝天宮舉行環島祈安活動，再次與大天后宮接觸並恢復交誼{{r|曾|page=115}}，而後在民國八十二年（1993年）2月臺南市舉辦中華民藝華會，大天后宮並舉行「迎媽祖」活動，並邀請北港三媽南下「會香巡歷」，之後朝天宮方面在民國八十九年（2000年）、九十三年（2004年）受邀以「會香」名義南下{{r|張|page=322}}{{r|曾|page=116}}。

*而在民國九十三年（2004年）6月11日凌晨五點，廟方人員開廟門時發現正殿的大媽金身從胸部以上裂開並斷落地面，頭部、雙手裂成兩截，臉龐稍損，幸大致結構仍完整，而崩壞原因是神像內部木材支柱腐朽<ref>{{cite news|author=林偉民 |title=〈大天后宮媽祖像 頭手斷落〉 |page=B2 台南市新聞 |work=《聯合報》 |date=2004-06-12}}</ref>{{r|曾|page=117}}。同年11月17日，經臺南市文化局評選過的三組匠師以[[擲筊]]方式來決定由誰負責修護，最後由臺南匠師杜牧河{{NoteTag|1=杜牧河為臺南市南區灣裡人，在業界外號「炎師」，父親杜定仁是[[捏麵人]]師傅，他學習後將此技藝應用在泥塑上，他曾經手過玉山寶光聖堂的九龍壁、[[後甲關帝殿]]與歸仁修元堂的神像<ref>{{cite news|author=鄭惠仁 |title=〈炎師泥塑浮雕 業界響叮噹〉 |page=C4 雲嘉南綜合新聞 |work=《聯合報》 |date=2004-11-23}}</ref>。}}獲選，而除了他之外，為了修護神像，負責設計監造的臺南藝術大學教授張元鳳還請來日本佛像專家森純一、長澤市郎協助<ref name="林1">{{cite news|author=林建農 |title=〈修護媽祖神像 擲筊決定匠師〉 |page=C2 台南市新聞 |work=《聯合報》 |date=2004-11-18}}</ref>。修復規劃經過內政部審查後，於次年（2005年）1月27日開始動工<ref>{{cite news|author=林建農 |title=〈大天后宮媽祖金身 展開修護〉 |page=C2 台南市新聞 |work=《聯合報》 |date=2005-01-28}}</ref>。修復期間在神像中發現三件清代石牌，記載神像是由三郊蘇萬利、金永順、李勝興與監生陳英疆重興，泉郡晉水陳成居恭造，並在道光二年十一月十六日（1822年12月28日）吉時開光{{r|曾|page=117}}<ref>{{cite news|author=林建農 |title=〈媽祖神像內 清出珍貴古碑片〉 |page=C2 台南市新聞 |work=《聯合報》 |date=2005-01-28}}</ref>。7月14日舉辦寶像升額大典，媽祖頭部重新與金身接上，而由於祀典臺南大天后宮誌記載媽祖神像原為金面，後被香火燻黑，故廟方有意恢復媽祖原貌<ref>{{cite news|author=林建農 |title=〈大天后宮媽祖 慶重生〉 |page=C2 台南市新聞 |work=《聯合報》 |date=2005-07-15}}</ref>。而後雖歷經爭議，但恢復成金面媽祖。神像修復完成後，於民國九十五年（2006年）2月17日舉行重光陞座典禮，由時任總統[[陳水扁]]主持，擔任正獻官<ref>{{cite news|author=林建農 |title=〈大天后宮鎮殿媽 扁開光〉 |page=C2 台南市新聞 |work=《聯合報》 |date=2006-02-18}}</ref>。同年（2006年），大天后宮分靈到[[日本]]{{link-ja|橫濱媽祖廟|横浜媽祖廟}}，規格仿鎮殿金面媽祖。<ref>{{cite news|url=http://www.merit-times.com.tw/NewsPage.aspx?unid=133633 |work=《人間福報》 |title=〈南市大天后宮媽祖 分靈日本開光〉|date=2006-04-26 |accessdate=2014-10-29}}</ref>