*同治、光緒年間的重修，元清觀的前殿、戲台規模宏偉壯觀，正殿增高基礎，並加以髹漆，廟宇煥然一新。重修後由泉州七邑人士（晉江、南安、惠安、同安、安溪、德化、永春）舉行三朝慶成醮，完成[[開光謝土]]儀式，此次的重修奠定今日元清觀的建築規模。三川殿楣樑上懸掛「溫陵福地」匾，即訴說著元清觀為[[泉州人]]的信仰中心。

*[[台灣日治時期|日治時期]]實施市區改正，拓寬天公壇巷（今陳稜路），正殿及後殿右側遭部份拆除。

*1999年九二一地震，元清觀三川殿牆面受損，2002年進行修復，保存元清觀的風貌。

*2006年4月9日元清觀遭回祿之災，正殿與廂廊燒毀，之後進行古蹟的修復，於2010年12月初重修完成，並於[[2011年1月5日]]舉行[[重修入火安座保安福醮大典]]。