2005年12月，全国首家中医药院校研究生院——成都中医药大学[[研究生]]院挂牌成立。

2006年，成为四川省人民政府与国家中医药管理局共建高校；同年6月，四川生殖卫生学院、四川省卫生管理干部学院并入。