1996年4月，由农业部部属的石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并而成。最早建校的石河子医学院建于1949年。今为教育部和新疆生产建设兵团共建高校。2000年8月，被确定为国家西部重点建设高校。2008年12月31日，石河子大学正式进入国家“211工程”重点建设高校行列 <ref>[http://www.shzu.edu.cn/2014/1106/c3a7537/page.htm 石河子大学喜迎新年 庆祝进入国家“211工程”重点建设高校行列]，石河子大学</ref> 。

校徽为圆形，内圆为绿色，中间为白色草书“天山”图形，表示石河子大学位于天山北麓的绿洲新城石河子，同时象征着大学勇于创新，敢于拼搏，不断攀登新高；外圆以白色为底，上半部是中共中央总书记江泽民题写的“石河子大学”，字为橙红色，下半部是英文书写的石河子大学“SHIHEZI UNIVERSITY”，为绿色 <ref>[http://logonc.com/7727.html 石河子大学校徽标志含义] ，藏标网</ref> 。