生物物理所研究单元有，生物大分子、脑与认知科学两个国家重点实验室，感染与免疫院级重点实验室，非编码核酸 <ref>[http://yz.kaoyan.com/ibp/zixun/11/410629/index_2.html 中科院生物物理研究所非编码核酸重点实验室介绍]，考研帮，2011-03-11</ref> 、蛋白质与多肽药物和交叉科学等三个所级重点实验室。

截至2014年08月，生物物理所拥有2个国家重点实验室、2个中国科学院重点实验室、2个所级重点实验室。2006年12月，经科技部批准，研究所正在筹建蛋白质科学国家实验室 <ref>[http://www.ebiotrade.com/newsf/2008-9/200892794951.htm 蛋白质科学国家实验室筹建特写]，生物通，2008-09-28 </ref> 。