1952年奉命在圣约翰大学执教，院系调整后并入上海财经学院。1955年4月19日，章克因潘汉年反革命案被捕，1957年以汉奸、特务罪名被判刑12年，再次关押于上海提篮桥监狱，在狱中翻译了科技资料180余万字。曾与倪柝声、金鲁贤、杜沧白、谭伯鲁分在同一个政治学习小组。后转往北京秦城监狱。刑满后恰逢文化大革命期间，未能释放，直到1976年出狱。1978年以后平反，回到上海财经大学，退休后回到原籍。 1980年接宋庆龄函邀去京,宋热情接待,并通过邓颖超等为章克联系工作,但因潘案未平反，无法正式安排工作。 1984 年正式平反,法院撤销1955年判决，上海公安局通知上海财经大学,正式恢复了章克的教授职称和待遇。但其时，章克已届80高龄，即行退休，每月领取229元退休金。于1990年4月22日逝世于山东。