血栓栓子約90％以上來自下肢深部靜脈，特別是[[腘靜脈]]、[[股靜脈]]和[[髂靜脈]]，偶可來自盆腔靜脈,很少來自下肢淺表靜脈。較小的栓子栓塞肺動脈小分支，多見于肺下葉，因肺動脈和支氣管動脈之間有豐富的吻合支，支氣管動脈的血流可以通過吻合支供應該區肺組織，后者可賴以避免梗死；但若栓塞前，肺已有嚴重淤血，栓塞的局部肺組織盡管有支氣管動脈的供血，其血液循環仍不能維持該部肺組織的正常生存，局部遂出現出血性梗死。肺栓塞的影響取決于栓子的大小和數量，栓子體積即使不大，但數量多，廣泛地栓塞肺動脈分支；或栓子大，栓塞動脈主干或大分支，患者即發生氣促、[[紫紺]]、休克，甚至急性呼吸循環衰竭而猝死。巨大的血栓栓子主要來源于下肢靜脈，有時來自右心附壁血栓。特別長的栓子可形成騎跨性栓塞阻塞左右肺動脈干。