保护区[[气候]]随着海拔的升高而变化，形成河谷干热和山地严寒的特点，自然景观垂直带谱十分明显；在海拔2300米以下的金沙江干热[[ 河谷]] ，为疏林灌丛草坡带，生境干旱，植被稀疏；海拔3000－3200米的云雾山带上，分布着[[针阔叶混交林]]，树种组成丰富；海拔3200－4000米，地势高峻而冷凉，分布着亚高山时暗[[针叶林带]]，主要由长苞[[冷杉]]、苍山冷杉等多种冷杉组成，林相整齐，为滇金丝猴常年栖息之地，是保护区森林资源的主要部分和精华所在；海拔4000米以上，为高山灌丛[[草甸]]带、流石滩稀疏植被带；海拔5000米以上为极高山冰雪逞，每一个带都各有特色。

这里环境幽静，人迹罕至，[[生物]]种类也较多，常见的[[ 兽类]] 有47种，[[鸟类]]45种，是我国特有的滇金丝猴栖息繁衍的理想之地。此外，区内还有仅产于横断山脉地区的小熊猫、绿尾虹雉，在海拔更高的地方，则有云豹、[[白马鸡]]和[[马麝]]等珍稀野生动物。