[[硅化木]]也被称为木化石 <ref>[https://www.sohu.com/a/192975501_182897 硅化木是怎么形成的]，搜狐，2017-09-19</ref> 。马山周围的沉积岩层中广泛分布着硅化木。据[[专家]]考证，早在一亿三千万年前的中生代，马山地区曾为“古莱阳湖”的一部分，其上游生长着大量的古树。而后，顺流而下被搁浅在这里，[[地壳]]变动时，在高温、高压、断氧的特定条件下，形成了化石。马山硅化木分布广，数量多，已发现20多株。其木质构造，属松柏类的南洋杉科。1992年发现的一株硅化木，树干长13米，平均直径达0.85米，硅化完全，年轮清晰，根枝疤节保存完好，这在中国沿海地区实属罕见。[[化石]]是地层的原始记录，通过对化石的研究，可以恢复[[古生物]]的属种，从而进一步判断当时的古地理、古气候、古环境，因此极具科研价值。

柱状节理石群，位于马山西南坡之团山，面积约一平方公里。据考证，此山是一亿多年前由火山岩浆冷凝收缩而成，裸露部分高达28米、厚约20米、跨度达150余米。马山柱状节理石群由无数根直径在一米左右、呈四棱、五棱或六棱柱状的单个柱体紧密排列组成。柱体内含有许多安山岩气孔晶洞，洞内有大量的[[方解石]]、冰洲石晶体，呈菊花瓣状，具有极高的[[经济]]价值、观赏价值和科研价值。尤其是在[[安山岩]]中，发现此柱状节理在中国尚属首例 <ref>[https://www.sohu.com/a/393075800_120687423 青岛的这个“袖珍式地质博物馆”，还有多少人不知道？ ]，搜狐，2020-05-05</ref> ，是世界柱状节理石群三大奇观之一。