崇明东滩位于长江入海口，处于我国[[候鸟]]南北迁徙的东线中部，地理位置十分重要。其生物多样性价值体现在物种的多样性和[[生态系统]]的多样性。东滩滩涂辽阔，拥有丰富的底栖动物和植被资源，是候鸟迁徙途中的集散地，也是水禽的越冬地。崇明东滩记录的鸟类达312种，迁徙水鸟上百万只 <ref>[http://news.sina.com.cn/o/2005-01-12/22114809982s.shtml 崇明东滩，候鸟的温馨驿站(组图)]，新浪网，2005-01-12 </ref> 。其中国家一级保护动物4种，国家二级保护动物43种。属中日候鸟保护协定的167种，属中澳候鸟保护协定的有51种。列入《[[中国濒危动物红皮书]]》的水鸟有12种。另外，根据1996年春季调查统计到的涉禽数量上分析，有8种超过或到达世界种群1%；3种达到或超过停歇地大于0.25%标准。1999年崇明东滩正式加入东亚—澳大利西亚迁徙涉禽保护网络，2002年1月，湿地国际秘书处正式接纳崇明东滩为[[国际重要湿地]]。

当然，东滩湿地除了鸟类，还拥有其它丰富的[[生物]]资源，在现有的10种兽类、73种鱼类和31种甲壳类当中，许多重要种类，如：国家一级保护野生动物[[白暨豚]]和[[中华鲟]]、经济特产种类大闸蟹和素有“软黄金”之称的鳗苗等，还有如泥螺，日本沼虾，海瓜子，等种类繁多，资源丰富的经济动物，它们的重要生活史，如觅食、繁殖、幼体育肥等都依赖这一特殊水域。崇明东滩现已查明的物种还包括两栖爬行动物16种、软体动物21种、[[环节动物]]13种、昆虫73种 <ref>[http://www.shidi.org/sf_09B561E34E70421ABA86A433A681FEB8_151_cnplph.html 崇明——近在咫尺的“地球之肾”]，湿地中国，2011-3-1 </ref> 。