功能分区是自然保护地进行保护和管理的有效和必要工具。分区能将不同保护级别和利用程度的场地划分开来，使保护地内某些区域得到完全的保护，而另一些区域则适当开放，为公众提供接触自然、了解自然的机会。截至2013年，松山自然保护区共分为五个区域，分属三种类型，包括两个核心保护区、两个缓冲条带和一个实验区域。