不久，乙未戰爭戰敗，渡回[[中國大陸]]。1898年，返回臺灣入籍，不過又前往[[香港]]。1900年，他應臺灣總督府之邀，返台擔任[[新竹廳]]參事。返臺後的黃南球以經商為主軸，並擴大產業藍圖。1910年，成立苗栗輕鐵株式會社；1912年，投資大安軌道株式會社，參與採伐木材及[[樟腦]]商業，最後亦成為臺灣史上的富豪之一。
[[File<div style="float:right; margin:-10px 0 0 20px;">{| class="wikitable"|-| <img src="https: 永春宮捐題碑//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/%E6%B0%B8%E6%98%A5%E5%AE%AE%E6%8D%90%E9%A1%8C%E7%A2%91.jpg/356px-%E6%B0%B8%E6%98%A5%E5%AE%AE%E6%8D%90%E9%A1%8C%E7%A2%91.jpg|thumb|" width="250" ><br>[[永春宮]]捐題碑上有黃南球名字。<br>[https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b4/%E6%B0%B8%E6%98%A5%E5%AE%AE%E6%8D%90%E9%A1%8C%E7%A2%91.jpg/356px-%E6%B0%B8%E6%98%A5%E5%AE%AE%E6%8D%90%E9%A1%8C%E7%A2%91.jpg 圖片來源維基百科]]|-|}</div>
1919年，黃南球在臺去世，葬於苗栗[[坪頂山]]，1927年，黃南球之子[[黃運寶]]和[[黃運和]]創立「[[栗社]]」。[[銅鑼鄉 (台灣)|銅鑼鄉]]的[[雞籠山]]下故居，經吳姓、李姓、謝姓等善士捐款改建成「勤善寺」，勉勵大家勤於行善。