杨遵仪曾担任中国古生物学会副理事长、中国地质学会常务理事和北京地质学会副理事长，《中国科学》、《科学通报》、《地球科学》、《现代地质》等多种刊物及《中国大百科全书》的编委，曾长期担任《古生物学报》(前10卷)主编，《地质学报》和《地层古生物论文集》的副主编，为促进中国的地质科学发展付出了巨大的劳动。1991年他被评为全国优秀教师。由于杨遵仪教授对地层古生物学的卓越贡献，1997年先后获得了在国内外有重要影响的香港何梁何利基金科学与技术进步(地球科学)奖和李四光地质科学荣誉奖。他还获得过美国耶鲁大学的克罗斯奖，被录入中国科学院主编的《中国现代科学家传记》和中国科学技术协会主编的《中国科学技术专家传略》。