玉海楼初建时藏书九万余卷，多为名家手校本、[[手抄本]]、批校本和[[稿本]]，其中包括‘永嘉学派’及浙江各地方的大量文献。 [[ 孙衣言 ]] 曾订《藏书规约》十六条贴在书楼堂壁之上，禁止任何人携书出楼，但民国初年时书楼的珍藏书籍大量流失，现藏书约32000册左右。