崀山丹霞提名地具有丰富的生物多样性和很高的自然遗产保护价值，有野生维管束植物1421种和大型真菌150种，其中列入中国物种红色名录的有88种；列入IUCN的71种；列入CITES的41种；中国国家重点保护植物26种，其中Ⅰ级3种。植被覆盖率85%，林木绿化率75.9%；有10个植被型，71个植物群系。有哺乳动物26种、鸟类94种、爬行类35种、两栖类19种、鱼类36种和昆虫816种，其中列入中国物种红色名录270种，列入IUCN的40种，列入CITES的27种，有中国国家重点保护18种。