2013年5月到6月，[[中国社会科学院考古研究所]]新疆工作队、新疆喀什地区文物局以及塔什库尔干县文物管理所组成联合发掘队前往吉尔赞喀勒墓地。领队为巫新华。此次发掘工作共发掘包括A区墓葬3座，B区墓葬7座在内的10座墓葬。此次挖掘工作共出土25件陶器、45件[[石器]]、13件铜器、17件木器、6件铁器以及以串珠为主的20余件琉璃珠。发掘学者称此次发掘是在欧亚大陆范围内首次发现公元前500年左右的琐罗亚斯德教遗迹 <ref>[http://www.chinanews.com/sh/2013/08-13/5155755.shtml 新疆考古发现亚欧大陆最早拜火教遗址 距今2500年]，中国新闻网，2013-08-13</ref> ，也是[[欧亚大陆]]仅见的规模大、地表现象清晰、分布特殊且数量较多的琐罗亚斯德教[[遗迹]]。这次发掘也支持了琐罗亚斯德教中亚起源说。

2014年，中国社会科学院考古研究所新疆工作队又与新疆[[喀什地区]]文物局、塔什库尔干县文物管理所对吉尔赞喀勒墓地再次发掘，领队为巫新华 <ref>[http://www.kaogu.cn/html/cn/xianchangchuanzhen/2014/0618/46562.html 2014年新疆吉尔赞喀勒墓地考古发掘工作启动]，中国社会科学院考古研究所，2014-6-18</ref> 。此次发掘工作包括短墓道竖穴墓和竖穴墓在内的29座墓葬，其中A区墓葬1座、B区墓葬19座、C区墓葬8座以及D区墓葬1座。此次出土木器、金属器、[[陶器]]数十件，另有若干琉璃珠或玉髓珠、骨制品、石器、贝饰以及毛织物。