根据2016年1月1日起执行的《国家发展改革委关于改善完善高铁动车组旅客票价的政策通知》，自2017年4月21日起，调整运行于杭深线的时速200-250公里的动车组车票票价。根据铁总官方发布的公告，杭深线宁波至[[厦门]]段大部分[[动车组]]列车一等座涨幅最高超50%，二等座涨幅16%-20%，同时有少量车次下调票价。此次票价优化调整后，旅客乘坐动车出行在旅行时间和票价方面仍具有一定优势，而且有利于改善公司的经营状况，不断更新改进服务设施和条件，为旅客创造更好的旅行[[环境]]。而自8月15日起，杭深线浙江段部分车次车票开始有不同幅度的折扣，最大折扣额度为32%。

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