整体计划完成后，西部干线北上列车始发站将改由潮州[[车站]]发车，原计划预计公元2011年完工。但因遇到公元2008年物价上涨，与细设顾问合约纠纷，决定呈报第二次修正计划，并将修正原有完工期程与经费，暂订2014年完工。 2011年6月经建会对二次修正计划所报经费自偿率部分仍有意见，同意工期展延至2015年，惟经费部分须于2011年底完成修正。 第二次修正计划于2012年2月4日奉行政院核定，计划期程延至2016年6月，总经费调整为245.65亿元。

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