2008年12月11日，蔡同榮召開[[記者會]]，質疑總統[[馬英九]]謊報自己的出生地。根據馬英九女兒[[馬唯中]]在美國的出生證明上的記載，馬英九填寫他自己的出生年是1950年，出生地是中國[[深圳]]（Shengchun, China）。由於馬英九在[[中華人民共和國]]於1949年10月建國後才出生於深圳，蔡同榮指控馬英九是[[中華人民共和國國民]]。總統府則以香港生死登記處核發的出生證明正本來反駁此一說法。<ref name="馬英九所申報出生地">黃森元, [http://www.southnews.com.tw/polit/ma_in_9/00/00357.htm 公開馬英九綠卡風波涉嫌詐騙的新證據], 南方快報, 2008.06.23</ref><ref>[http://www.taiwanus.net/news/press/2013/201308211416131070.htm 「馬英九出生地是中國深圳」這是真的! 證據在此!], 台灣海外網, 2013-08-26</ref><ref>[http://api.ning.com/files/pa1EQhLUMC5o*4Y4Ch2HKA-Ba9iE5AculCaZ83ox1uXIpOAbj11A6vyMal1BAomyUeOHp70W5DG75XvjkiLbxbnh6EFJbZn9/201308210400.jpg Standard Certificate of Life Birth: Wei-chung Ma], Department of Public Health, Commonwealth of Massachusetts</ref><ref name="深圳說1">[http://www.nownews.com/2008/12/11/10844-2378954.htm 秀馬唯中出生證明！　蔡同榮爆：馬英九出生地是中國深圳], [[Nownews]], 2008年12月11日</ref><ref name="深圳說2">[http://www.libertytimes.com.tw/2008/new/dec/12/today-fo3.htm 雙重國籍爭議／綠質疑 藍為保馬 包庇李慶安] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090215055146/http://www.libertytimes.com.tw/2008/new/dec/12/today-fo3.htm }}, [[自由時報]], 2008-12-12</ref>

2009年6月24日，蔡同榮說，陳水扁遭[[羈押]]超過半年，民進黨應該爭取陳水扁的司法人權，但上街頭不一定是「救扁」的唯一辦法；而且不到一年內，民進黨已經三次發動上街頭，應該要休息一下，讓專家學者也可表達一下意見。他還說，前[[韓國總統]][[盧武鉉]]被控貪污，沒有被羈押，反而跳崖[[自殺]]；陳水扁則是「連自殺都沒機會」<ref>{{cite news | language = zh-tw| author = 李人岳| coauthors = | url = | title =綠委提議上街頭救扁 蔡同榮：休息一下吧| work = | publisher =[[中廣新聞]] }}</ref>。