2009年3月9日，惠州博物馆新馆正式由惠州市“二馆一中心”建设指挥部移交至惠州市文化广电新闻出版局。7月30日，惠州市副市长谢瑞于今日惠州网“惠民在线”论坛透露惠州博物馆新馆于9月27日开馆。9月27日，中国共产党惠州市委员会书记黄业斌于惠州文化艺术中心落成暨科技馆博物馆开馆庆典仪式宣布惠州博物馆新馆正式启用。2013年5月17日，国家文物局将包括惠州博物馆在内的144间博物馆评定为第二批国家二级博物馆。2015年4月14日，惠州博物馆理事会成立，是为该馆的决策管理机构。