1999年，该博物馆正式独立成为单一的机构，其行政管理与柏林博物馆分离。2001年，博物馆的管理权由柏林州政府移交给联邦政府，并举行了正式的开馆[[仪式]]，并丰富了展品。在其后的5年中，犹太博物馆共接待了350万参观者。