黄龙溪镇原名永兴场，原址位于锦江东岸，曾毁于一场大火，故又名“火烧场”。清代初年，永兴场由河对岸迁至现址。清代时，华阳（后并入双流县）、彭山、仁寿三县同时受民事纠纷、匪患、水患等困扰，于是在三县交界处的黄龙溪镇设立了名为“总爷衙门”的联合办事机构，共管三县事务。民国时期，总爷衙门改为三县衙门。20世纪之后，由于陆路交通发展迅速，锦江航运逐渐废弛，黄龙溪镇也逐渐由繁忙的码头转变为安静的江边场镇。