[[File:种系1.jpg|缩略图|化石[https://dss3.bdstatic.com/70cFv8Sh_Q1YnxGkpoWK1HF6hhy/it/u=1347576829,1867395092&fm=26&gp=0.jpg 原图链接][https://dss3.bdstatic.com/70cFv8Sh_Q1YnxGkpoWK1HF6hhy/it/u=1347576829,1867395092&fm=26&gp=0.jpg 图片来源百度网]]]'''种系'''种系是生物学科术语，指 假定有共同起源的关系密切的一小群 [[ 物种 ]] ， <ref>[https://baike.baidu.com/reference/4096065/c104gutwYzEU8MGGNDRrjTXzIe-ALBGc7uRdjIcNBXS-IUi3WIIwaggBwXuR9YiaEnLm6KhAII4EP_ShWMSWCvI4NRwUTlr7w0_j0qGlol3L | 百度汉语] </ref> 例如：种系发生。 '''拼   音'''：[[zhǒng xì ]]  '''注   音'''：[[ㄓㄨㄙˇ ㄒㄧˋ]]  '''词   性'''：[[名词]] '''词语结构'''：[[并列结构]] '''近义词'''：[[支系]]，[[谱系]]，[[世系]]，[[系统]]，[[分支]]，[[演化支]]

系统发生学（希腊语：φυλογένεση，φύλο，现代 [[ 希腊语 ]] ：fílo- 种系 [[ ，性别 ]] 和γεννήση，现代希腊语：jénnissi- 新生，诞生。 <ref>[Liddell, Henry George; Scott, Robert; Jones, Henry Stuart. A Greek-English lexicon 9. Oxford: Clarendon Press. 1968: 1961.]</ref> [[ 英语 ]] ：Phylogenetics，又称系统发育学，简称为谱系学）是 [[ 研究生物 ]] 个体或群体（例如物种或种群）之间的 [[ 演化历史 ]] 和关系。这些关系是通过系统发育推理方法被发现，这些方法评估被观察到的可遗传性状，例如在这些性状的进化模型下的DNA序列或 [[ 形态 ]] 。 这些分析的结果是系统发生（也称为系统发生树phylogenetic tree） - 关于一组生物的进化关系历史的图解假设。 系统发生树的尖端可以是 [[ 生物体 ]] 或 [[ 化石 ]] ，并代表进化谱系中的“末端”或现在。 系统发生学分析已成为理解生物多样性、进化、生态学和基因组的核心。

[[ 生物分类学 ]] 是生物的识别， [[ 命名 ]] 和 [[ 分类 ]] 。 它通常由系统发生学提供丰富的信息，但仍然是一种方法论和 [[ 逻辑 ]] 上不同的学科。 <ref>[Edwards AWF; Cavalli-Sforza LL. Reconstruction of evolutionary trees. (编) Heywood, Vernon Hilton; McNeill, J. Phenetic and Phylogenetic Classification. 1964: 67–76. OCLC 733025912. Phylogenetics is the branch of life science concerned with the analysis of molecular sequencing data to study evolutionary relationships among groups of organisms.]</ref>

系统发生学研究的最大困难是，系统发生学的进化过程是不能被直接通过观察和 [[ 实验 ]] 被证实的。所以各个方面的证据都要被综合起来分析。由于对这些证据的侧重不同，会经常造成有多个不同的演化树版本，例如 [[ 原口类动物 ]] 的几个门究竟是归到 [[ 蜕皮动物 ]] （来自遗传学方面的证据）还是触手动物（形态学方面的证据）。

同源 特征证实了物种间的亲缘关系 ， 例如同源器官或 是 同源的行为方式，会显示出相同的躯体基本 重 构 造，因为环境的不同而 进化 成不同 树 的 外形或功能 有力手段 。同源 器官的外形和功能 现象在生物学中 可以 相差很大。 进 一 个很好的例子就 步分为直系同源（直系同源 是 脊椎动 指在不同 物 种中 的 前肢。它们可以成为足，翅膀（鸟，翼龙，蝙蝠），鳍（鱼，企鹅，鱼龙，鲸 某一基因来自同一祖先 ） ，手（人类，猿 和 一些恐龙），挖掘工具 旁系同源 （ 田鼠，裸滨鼠，袋鼹)。但其骨骼构造却是相似的。这些相似性只能用 种 系 统发生学 间 的 理论去解释 基因复制） 。

* 同 源特征证实了物种间 功，例如同功器官外形的相似，功能 的 亲缘关系 相同 ， 但它们却 是 重构进 通过趋同演 化 树 独立发展出来开 的 有力手段 。 同源现象在生 如[[墨鱼]]的[[眼睛]]和[[脊椎动 物 学中 ]]的眼睛，它们外形构造相似，功能都是感光。但透过显微镜 可 以进 看到，它们的微细结构不 一 步分为直系同源（直系同源 样。对个体发生的研究显示，它们 是 指在 从 不同 物种中 [[胚层]]发育而来 的 某一基因来自 。 同 一祖先）和旁系同源（种 功现象并不是亲缘关 系 间 的 基因复制） 证据 。