2011年12月7日，林肯号离开华盛顿州艾弗雷特海军基地，它将赴[[东亚]]和中东环球巡游，五个月后会抵达[[弗吉尼亚州]]诺佛克军港，接受长达五年的核动力航空母舰服役期中大修和核燃料重注工程。它在美国太平洋舰队的角色将由尼米兹号接替。与以往不同的是，卡尔文森号11月30日刚刚离开[[圣地亚哥]]也赴东亚和中东部署。两艘航母的部署时间上似有重叠，虽然林肯号这次部署兼带换母港。1月7日，林肯号抵达泰国林查班港访问。1月19日，林肯号抵达阿拉伯海并和即将返航的斯坦尼斯号举行了交接仪式。1月23日，林肯号航空母舰战斗群，通过[[霍尔木兹海峡]]进入波斯湾。2月1日至5日，林肯号访问巴林。

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