陆皓东等为首的起义多数成员被清廷逮捕。11月7日，陆皓东等为首多数成员被捕处刑，孙则受到通缉。陆皓东、邱四、朱贵全被处死。11月，孙断然改装偕陈少白等赴日本，旋组织兴中会分会于横滨。港府在清政府压迫下颁发放逐令，不准孙进入香港，为期五年。