1637年，菲律宾总督科奎拉（Sebastián Hurtado de Corcuera）为了减少开支，决定削减北台湾的军力。他下令毁掉淡水的圣多明哥城，仅驻军于圣萨尔瓦多城。鸡笼防备空虚，终究引来荷兰人的觊觎，1641年荷兰人前来鸡笼一探虚实，并伺机进攻。这时西班牙人的威望已大不如前，许多原住民转而加入荷兰人，不过荷军认为火炮数量不足以攻破城堡，:206劝降西班牙守军失败后，就返回大员。到了1642年，荷军大举进攻鸡笼，并夺取了鸡笼岛上的制高点。西班牙军已无力抵抗，遂向荷军投降，从此退出台湾。