滨州贝壳堤岛与湿地国家级自然保护区属北温带东亚季风区域大陆性气候。具有夏热多雨，冬寒季长，春季多风干燥，秋季温和凉爽的特点，年平均气温12℃左右。春季3~5月，暖空气开始活跃，冷、暖空气相互消长，高低压系统交替频繁，气候多变，但仍受极地气团控制，暖空气不能大量输送，降雨少，大风日数多，温度上升快，三月份平均5℃左右，5月升到20℃左右，由于风大，雨少，蒸发快，常春旱；夏季6~8月，太平洋高压增强北上，是全年气温最高，湿度最大，降水最多的季节，夏初盛吹西南风，6月下旬至8月底为雨季，气候湿热，降水可占全年70%，有时酿成涝灾；秋季9~11月，北方的冷空气开始活跃，暖空气萎缩，10月开始秋高气爽，风和日丽，能见度高，昼夜温差大，秋末，北风增多，气温下降；冬季，12~2月份，受强大的蒙古高压的控制，北风盛行，气候干燥寒冷。