[[学术]]委员会由特聘的、本研究领域国内知名的院士、研究员和教授组成，负责审定 实验室的研究方向、课题设置和布局，对重大研究项目的可行性进行评议，对本实验室的研究成果进行评价。

发展委员会由市科技局、市海洋与渔业局和中科院海洋所的领导成员及聘请的有关 [[ 企业 ]] 的领导人组成，负责协调和协助实验室科研成果的转化和 [[ 产业 ]] 化。

实验室实行主任负责制，室主任由中科院海洋所的 [[ 张培军 ]] 研究员担任，室主任在 管理委员会的直接领导下，全面负责实验室的日常管理工作。

实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的 运行机制，面向国内外开放。 在队伍建设方面，实施全员聘任制，竞争上岗，选拔具有高 [[ 学术 ]] 水平的中青年学术带头人，建立一支由青年科技人才为研究骨干的精干的研究队伍；在科研工作管理方面，建立年度考核、绩效挂钩的激励机制，奖优罚劣，提高科研工作的 [[ 质量 ]] 和效率，创造更多高水平的研究成果，培养更多优秀的青年 [[ 科技 ]] 人才。