吴尚先出生于文学世家。祖父吴锡麟，字圣征，乾隆年间进士，曾任编修官、祭酒，诗才超群，骈文清华明秀，名重一时。著有文集问世。父亲吴清鹏，嘉庆二十二年进士第三名，任编修官、顺天府府丞。后告归，主讲于乐仪书院。吴尚先幼承家学，道光十四年（1834）中举人。次年到京师，因病未参加应试，后八年客居广平（今河北广平）。自此他淡于功名，绝意仕途。后随父寓居扬州，平日除写诗赋文以外，兼学医为业。太平天国农民起义时，他和弟弟官业带着母亲避乱至江苏泰州，并在东北乡俞家垛开业行医。战争时期，药物来源缺乏，平民因病致死者颇多。加之那一带居地潮湿，疫疾流行，当地又有沤田农作的习惯，每值春播，农民涉水耕种，故痹证（风湿性关节炎等病）发病率很高；此外血吸虫病流行，鼓胀患者亦较多，并有不少其他病证。民众限于经济和医药条件，得不到良医的治疗。有鉴于此，吴尚先为了解除贫民病痛，结合当时情况，广泛采用外治方法，其中尤以薄贴（即膏药）治病特色鲜明，疗效卓著。他的外治法除广泛吸取前人著述中有关学术经验外，个人对此亦有很多变创、发明。其主治范围很广，治法大多简便、无痛苦，治疗后往往不妨碍劳作，且可解穷人无钱购药之难，因此深受劳动群众的欢迎。《理瀹骈文》序跋中曾记载，吴尚先使用膏药为人治病，开始人们心存疑虑（久病、重病者尤甚），以为膏药疗效不佳，登门求医者每天只有一二十人，但往往在数次治疗后，疾病竟获痊愈。由于民众广泛宣传，求治者越来越多，门庭若市，每日竟达数百人。长期丰富的临床实践，使他的外治方法日臻完善。同治三年（1864年），他将自己多年研习医学、治疗疾病之心得著书立说，撰成《理瀹骈文》一书。同治四年（1865）他重返扬州城设存济药局，以益乡民识字习文，并为之治疗疾病。吴尚先一生侍奉母亲非常孝顺。中年丧偶后未再娶妻，其子炳恒，孙男养和，均承其志，以行医为业。

他所著《理瀹骈文》内容丰富而严谨，凡因个人临床体验不多，而书中予以收载之膏药方，均予注明。吴氏对外治法虽有精深的造诣，仍不失谦逊、辩证的态度，鼓励后学学习外治，不必拘泥于他的膏方，应取诸家之长，知常达变，灵活应用。他处于西方医学逐步传播到中国的历史时代，但没有采取一概排斥的态度，而是立足于中医学术，亦取西医治法中的长处，故在《理瀹骈文》中也斟酌介绍了一些西医外治法。如在治吐血、衄血等症时指出：衄血，将头高枕，用冷水洒面或冷铁熨背脊；吐血，将头平枕，冷水洒面或冰块按胃上。大小肠、子宫出血，用水节射冷水入肛门、阴道，或用冰块塞之。书中还提到西方传入之输血法等。可见他具有实事求是、洋为中用的科学态度。此外，他的著作还吸收了一些少数民族医学的治疗方法，如用蒙古秘方健阳丹（回春丹）治疗伤寒阴症；采用铜钱于胸背四肢刮透，即于伤处用蛋滚擦之苗人秘法治疗发斑。由此反映了他不仅注重向古人学习，而且重视学习不同地域的医疗经验。总之，吴尚先具有优秀的医德、医风和医术，深受当时民众和后世医家称颂。