医院现有国家级临床重点专科1个(病理科)，省级临床重点专科5个(胸外科、普外科、血液内科、肿瘤放射治疗中心、临床护理)，省级医学重点学科3个(肿瘤科、普外科、病理科)，省级医学重点建设学科1个(影像科)。拥有10个省级肿瘤防治研究中心，分别是山西省肿瘤精准医疗临床医学研究中心、山西省放射治疗中心、山西省乳腺疾病诊治中心、山西省血液肿瘤诊疗中心、山西省胃癌诊疗中心、山西省临床病理会诊中心、山西省肿瘤体检中心、山西省分子病理诊断中心、山西省医学影像人工智能工程技术研究中心、山西省肿瘤医院专家会诊中心。挂靠省级肿瘤防治机构2个：省抗癌协会和省生物医学工程学会。拥有省级医疗质量控制中心3个：山西省病理质控中心、山西省肿瘤医学质控中心和山西省肿瘤放射治疗质控中心。