<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">陳永興在[[高雄市市長]][[謝長廷]]力請之下出任[[高雄市政府衛生局]]局長，在局長任內曾經因為拒絕[[關說]]而遭人毆打。1999年陳永興獲得[[賴和文教基金會]]頒發第八屆[[賴和獎]]醫療服務獎。2004年陳永興加入[[台灣團結聯盟]]，被列為該黨[[2004年立法委員選舉]]不分區立委名單第一名，但由於具有學生身份 而被[[中央選舉委員會]]撤銷參選資格。2006年8月，陳永興卸任[[高雄市立聯合醫院]]院長。

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2007年9月16日，台灣團結聯盟提名陳永興為[[2008年立法委員選舉]]不分區立委候選人，但未當選。2009年10月陳永興出任[[羅東聖母醫院]]院長，6年任內推動興建台灣第一座老人醫療大樓，募款達標即開記者會，請大眾將捐款轉給更需要的偏鄉醫院。2015年12月31日於聖母醫院退休，目前擔任 [[ 花蓮門諾基金會 ]] 董事長，每年募款 照顧花東地區獨居老人，為偏鄉長照工作奉獻心力。

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2014年4月15日，《[[民報]]》創刊，陳永興擔任其發行商「 [[ 民報文化事業股份有限公司 ]] 」董事長。2016年7月8日，[[壹電視新聞台]][[政論

就開始喊[[轉型正義]]，如果連[[私立學校]]經營問題的轉型正義都沒辦法做好，民進黨就不用奢談追討[[國民黨 ]] 黨產]] 了。

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2016年11月20日，《[[台灣蘋果日報]]》披露，陳永興與[[台灣國辦公室]]創辦人[[王獻極]]近期廣邀獨派與本土派人士籌備成立「獨派協 議平台」，陳永興擔任召集人，預定本年12月10日[[國際人權日]]宣布推動「台灣獨立公投」。同月21日，民進黨立委[[葉宜津]]回應，台灣是否獨立不是台灣單方面可決定，希望獨派能一起努 力、而不是只給民進黨壓力。同月21日，[[台灣獨立建國聯盟]]主席[[陳南天]]表示，本日《[[台北時報]]》報導稱台獨聯盟為獨派協議平台發起團體之一，此言並非事實，台獨聯盟「僅參與11月6日會前會，並未參與該平台創建」。

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2017年9月23日，陳永興在[[魏廷朝]][[回憶錄]]《賭鬼的後代：魏廷朝回憶錄》發表會說，魏廷朝「顛覆朝廷」的任務尚未結束，因為中華 民國尚未被顛覆；如果民進黨不敢顛覆中華民國、反而繼續在中華民國底下[[維持現狀]]，獨派就要顛覆這個不長進的民進黨。

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2018年，陳永興與 [[ 張燦鍙 ]] 、 [[ 紀政]]......等人發起「 [[ 東奧 ]] 正名台灣」公投，在2018年11月24日九合一選舉中，獲得四百七十多萬贊成票，可惜 未受 [[ 民進黨 ]] 及 [[ 蔡英文 ]] 總統支持，公投案未能通過。