吉貝嶼四周有[[石滬]]群和[[珊瑚礁]]地形，島內更有豐富的人文景觀與文化遺址。東南海岸的岩層已被侵蝕成為[[海蝕平 台臺]]。島的東側及東北側海濱，有較黝黑的[[玄武岩]]。西崁山原為一獨立山頭，後來由於廣大的[[珊瑚]]碎屑堆積而成一座[[陸連島]]，在西崁山東南方有一隆起的灘岩地形，與西崁山北方的堆積層，約合佔全島的二分之一面積，是本島另一特別的地形景觀。